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制藥廢水大多數具有有機物濃度高、色度高、含難降解和對微生物有毒性的物質、水質成分復雜、可生化性差等特點。廢水中的殘留抗生素和高濃度有機物使傳統生物處理法很難達到預期的處理效果，因殘留抗生素對微生物的強烈抑制作用使好氧菌中毒，造成好氧處理困難；而厭氧處理高濃度的有機物又難以滿足出水達標，還需進一步處理。
制藥廢水的復雜性與常規生化處理工藝的高耗、低效性，是導致當前大量制藥廢水難以處理和不易達標排放的最直接原因。因此，在采用厭氧生化處理和厭氧、好氧生化組合的傳統工藝之前，對制藥廢水進行有效的預處理，破壞或降解其中的殘留藥物分子及抗生素活性，使其中難以生物降解的物質轉化為易于生物降解的小分子物質，即消除其對微生物的抑制作用，提高廢水的可生化性，可以使后續生物處理的難度大大減少。
藥品生產過程中所用原輔料成分復雜,反應產生的廢水COD高達幾萬mg/L,我們將稱之為高濃度有機廢水 ,常規方法幾乎不能直接處理。常見的處理這種高濃度有機廢水的方法有:溶劑萃取法、吸附法、生物法、膜分離法、氧化法、焚燒法。 化學合成制藥廢水生物毒性大、可生化性差，屬高濃度難降解有機廢水 ，通?？梢钥紤]采用高級氧化-鐵碳微電解-ABR—UBF-好氧工藝進行處理，工程實踐表明，該工藝處理效果穩定可靠，出水COD在300mg/L以下，出水水質完全達到污水綜合排放標準(GB8978—1996)中二級排放標準.
以下為常見制藥廢水處理工藝介紹：